De hele plant is zeer giftig, vooral de wortel. Die giftigheid is het gevolg van de aanwezigheid van een aantal tropane alkaloïden waaronder scopolamine (hyocine), hyoscyamine en atropine. De effecten van inname van het bilzekruid zijn waanvoorstellingen, verwijde pupillen, rusteloosheid en een rode vlekkerige huid. Gemeld worden bovendien ook hartritmestoornissen, stuiptrekkingen, hevige krampen, gezwollen buik, overgeven, verhoogde bloeddruk, oververhitting, ataxie (een aandoening waarbij iemand de controle over al zijn spieren verliest) en coma. De dood als eindstation van deze vergiftiging is zeer zeker niet uit te sluiten.
Het bilzekruid werd vroeger veelvuldig gebruikt vanwege zijn hallucinerende en narcotiserende werking. De psycho-actieve eigenschappen zijn onder andere visuele hallucinaties en een gevoel van vliegen. Dat is dan ook de historische bron voor de legende dat heksen konden vliegen op hun bezemsteel: niemand heeft ze ooit daadwerkelijk zien vliegen, maar de heks (lees: kruidenvrouwtje) had zelf het gevoel gehad dat ze gevlogen had en toen ze dit aan haar omgeving vertelde vond die haar natuurlijk behoorlijk vreemd. In die tijd moest alles wat ‘vreemd’ was met wortel en tak worden uitgeroeid volgens de kerkvaders.
Toch worden ook tegenwoordig nog wel toepassingen gevonden voor de werkzame stoffen van bilzekruid. Het wordt gebruikt als middel tegen spasmen in de urineblaas of als middel tegen prikkelbare darm syndroom (PDS). Natuurlijk worden hiervoor zorgvuldig uit de plant gedestilleerde stofjes gebruikt, want zou je zelf met die plant gaan prutsen, dan zou je misschien ook willen vliegen.
In een grijs verleden werd bilzekruid gebruikt als deel van een kruidenmensel dat aan sommige bieren werd toegevoegd als smaakmaker en om de houdbaarheid te verlengen. Dat kruidenmengsel, gruit genoemd, is later vervangen door het minder giftige hop.
